Virus viêm gan C thuộc chi Hepacivirus, một thành viên của họ Flaviviridae. Trước năm 2011, nó được coi là thành viên duy nhất của chi này. Tuy nhiên, một thành viên nữa của chi này đã được phát hiện ở loài chó: virus hepacivirus ở chó.[4] Cũng có ít nhất một loại virus trong chi này lây nhiễm cho ngựa.[5] Một số loại virus khác trong chi này đã được mô tả ở dơi và loài gặm nhấm.[6][7]